望传》中的说法，搞错葬期的是恩格德，他擅改下葬时刻，并谎称这是根据钦天监选定的时间。这件事的后果相当严重，因为按照风水学的说法，死者在吉时下葬，关系到子孙永享荣华富贵，兴旺发达，反之则会灾祸无穷。

可怕的是，这个说法似乎得到了验证。因为荣亲王下葬不久，董鄂妃便一病不起，驾鹤西去。更糟糕的是，四个月后顺治帝也随之病薨。这种不吉利的事情相继发生，随着误用葬期的事被揭发出来，事情的性质便变得极为严重。恩格德为了逃脱责罚，把责任一股脑儿地推给了钦天监，声称是他们误报了时辰。这一来，作为钦天监监正的汤若望不得不站出来澄清事实了。他具折奏明朝廷，指出错误的葬时并非由钦天监所误报，而是由礼部所擅改。这一来，作为礼部尚书的恩格德便难脱干系，朝旨处死。汤若望出于好心，向皇上求恩，恩格德方获恩赦，免除死刑，革职充军。与恩格德一起遭受处罚的还有礼部一干人员，如郎中吕朝允、笔帖式额勒穆等。

应该说，在这件事上汤若望并无过错，他出来说明情况也是不得已而为之。钦天监机构下设四科：一是历科(原名时宪科)，二是天文科，三是漏刻科，四是回回科。其中历科最为重要，其职责是掌管天算天象与编定历书等事务。该科之下又分三组，其中一组就是专为祭祀等活动选定吉日的。荣亲王在错误的时间下葬，汤若望如不禀明事实，不仅钦天监负有责任，而且他的属下也难逃追究。可是，他这样一来，便把恩格德和一班礼部大员彻底得罪了。

除了礼部不满汤若望外，钦天监内部也对汤若望任职十分抵触。在清代以前，钦天监一直是大统历和回回历的天下。大统历明初由开国元勋刘基(字伯温)进呈，名为《戊申大统历》，修于元时，有明一代一直沿用。传教士们习惯地称它为中国历法。回回历产生于环地中海地区，由穆斯林天文学家创立。早在元代就进入中国，在中国历法史上占据重要地位。元明两代，朝廷设有回回司天监，为官方天文机构之一。明洪武年末期，回回司天监撤销，并入钦天监，在监下设回回历科。该科成员均由回民历学家担任，采取世袭制，职名为回回历士，而在钦天监内部则实行大统历、回回历双轨制，一直沿袭至明末清初。

明朝成化以后，大统历推验屡误，随着修历呼声不断增高，徐光启引用西人修历，大统历逐渐衰落。不过，回回历由于自身独特的体系并未被取代。清初，汤若望出任钦天监监正时，仍保留了回回科的设置，并且允许他们按照自己的方法进行观测，并定期向朝廷呈报结果。

不过，好景不长。顺治三年（1646年），汤若望下令禁止回回科进呈推验结果，这引起了回回科的恐慌。在这之前，由于推验屡误，回回历法的信誉已大幅下降，他们在监局的世袭地位也受到威胁。面对这样的局面，他们当然心有不甘，开始联合监局内的保守力量，包括天文科、漏刻科的部分反西教人士，处心积虑制造难题，并以一些极为幼稚和恶劣的理由攻击西方的天算科学，试图搞倒汤若望。虽然他们得到了礼部部分官员的暗中支持，但都没有成功。不过，这些“捣乱分子”(汤若望语)也的确制造了不少麻烦。汤若望不得不花费大量精力来对付他们。有一次，他们状告汤若望出任钦天监监正不合法，因为没有找到关于他任命的谕旨。内阁会议对于这样的指控当然要进行审理。在审理过程中，汤若望被带到院子的太阳下暴晒，竟致患了头疾，三日未愈。好在这份谕旨后来从文档中找了出来，那些告他的人才没有得逞。对于这些接二连三的捣乱，汤若望不胜其烦，在高层的支持下，他决定把那些“捣乱分子”一一革除，并对监局内的人员进行了调整补充。一些受到汤若望信赖的（其中大部分为基督教信徒）

走上了各级岗位。除此之外，汤若望还革除陋习，整顿秩序，清除监内的无用人员，对傲慢无理的满族官员加以责罚，从而逐步站稳脚跟，使钦天监的工作按照自己的意志运转起来。

顺治十四年（1657年）四月，原回回科秋官正吴明炫上书弹劾汤若望，鸣冤叫屈。他说臣祖上来自西域，自隋便被“授为日官”，专司历法天象，每年推算，定期呈报，是为定例。可顺治三年（1646年），本监掌印汤若望废除回回科进呈定例，但臣发现汤若望新法所推七政，存在谬误，事关象占，“不敢不据实上闻”。最后，他强烈要求恢复回回科，“以存绝学”。朝廷受理此案后，派人验证，结果发现吴明炫指摘新法谬误，所告与事实不符，被判“诈不以实”，险些丢掉性命。

这是一次失败的尝试。吴明炫碰得头破血流，而回回天算家的阵营也受到严重挫败。此后，他们表面上消停下来，没有发起公开的进攻，但暗中仍在积蓄力量，伺机反扑。就在这期间，杨光先来到京城，他们一拍即合。杨光先攻击西教甚力，虽“好高论大言，稍通历法”，但天算艰深，非其所长。为了扳倒汤若望，他曾试图寻求“羲和旧官”，即钦天监中的汉人官员的帮助，但并未得到响应。杨光先对此很不满，他曾在文章中指责这些人“尽叛其家学而拜仇人作父”